Виленское Православное братство было создано в XVI веке как Свято-Троицкое братство при церкви Св. Троицы. В 1587 году митрополит Онисифор утвердил устав братства, разрешил открыть школу и организовать типографию. Основными задачами братства были поддержка храмов, образование и печатное дело.
В 1588 году Константинопольский патриарх Иеремия II подтвердил «Чин» братства и предписал вести школу с изучением греческого, латинского и славянских языков. Польский король Сигизмунд III Ваза в 1589 году утвердил права братства на самоуправление, а в 1592 году освободил от городских налогов.
Первоначально братчиками были ремесленники, позже к ним присоединились дворяне. Высшим органом братства были общие собрания, на которых принимались решения. Для текущих дел избирались старосты, а хозяйство и казна находились под контролем выборных ключников.
В 1609 году братство активно противодействовало переходу православных храмов в унию. В последующие века типография и школа прекратили работу, а после 1795 года, когда Вильна вошла в состав Российской империи, деятельность братства вскоре прекратилась.
Возрождение братства произошло в 1865 году при митрополите Иосифе (Семашко) для укрепления православия. По инициативе братства в Вильне были построены и восстановлены несколько храмов, включая храмы во имя архангела Михаила и князя Александра Невского. Деятельность временно приостановилась во время Первой мировой войны.
Современное возрождение началось в 1995 году. Братство действует на основании Устава, обновлённого в 2000 году. Все решения принимаются на общих собраниях братчиков. С 2024 года председателем братства является иерей Константин Лазукин — настоятель храма свв. Константина и Михаила в городе Вильнюс.
